Thèse Rôle de la Région 3'Rr du Locus des Chaînes Lourdes d'Immunoglobulines dans la Localisation Nucléaire de Bcl6 Lors de la Transformation du Lymphocyte B. H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Limoges École doctorale : Biologie, Chimie, Santé Laboratoire de recherche : Contrôle de la Réponse Immune B et lymphoproliférations Direction de la thèse : CHRISTELLE FABERT ORCID 000000025799980X Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-18T23:59:59 Le locus des chaînes lourdes d'immunoglobulines (IGH) subit de nombreux remaniements géniques au cours de la maturation du lymphocyte B (LB). Bien que nécessaires à la production d'anticorps spécifiques de l'antigène rencontré, ces remaniements (SHM et CSR) peuvent être dangereux pour le LB, en raison des cassures de l'ADN initiées par l'enzyme AID. L'activité de AID conduit à des mutations ponctuelles et/ou des cassures double brin de l'ADN au sein des gènes d'immunoglobulines (action « in-target ») et parfois sur des gènes autres conduisant à des mutations et/ou translocations d'oncogènes (action « off-target »). Pour preuve, les gènes d'immunoglobulines sont fréquemment des partenaires de translocation d'oncogènes : la translocation de c-MYC au locus IGH dans le lymphome de Burkitt ; la translocation de l'oncogène BCL2 fréquemment retrouvée dans les lymphomes folliculaires et parfois dans les leucémies lymphoïdes chroniques. Côté mutation, celles de BCL6 sont identifiées très fréquemment dans les Lymphomes B diffus à grandes cellules (DLBCL).
Ces remaniements du locus Igh (SHM et CSR) sont régulés par les éléments régulateurs du locus Igh tels que la région régulatrice 3'RR (3' Regulatory Region). Au cours de la maturation du LB, le positionnement tridimensionnel des loci Igh dans le noyau est précis et dynamique. En effet, nous avons précédemment montré que les loci Igh s'éloignent l'un de l'autre dans le noyau de LB dépourvue de 3'RR chez la souris, témoignant du rôle de cette région sur le positionnement Igh. Nous avons ensuite, démontré que ce défaut de position a pour conséquence des mutations sur l'oncogène Bcl6, associé à un rapprochement physique des gènes Igh et Bcl6.
Nous émettons donc l'hypothèse que la 3'RR participe au maintien de l'intégrité du génome en évitant les cassures/recombinaisons/mutations en dehors du locus Igh et par conséquent limite le développement de lymphomes/leucémies.
Ces observations faites dans un modèle murin nous ont incités à ouvrir un nouvel axe d'investigation chez l'homme et plus particulièrement sur les DLBCL, lymphomes qui présentent des mutations de l'oncogène BCL6 dans environ 60% des cas. Le DLBCL est un des lymphomes non hodgkiniens le plus fréquent chez l'adulte. En 2018, environ 5100 nouveaux cas ont été dénombrés et son incidence est en augmentation régulière. L'âge médian au diagnostic est de 70 ans. C'est un lymphome B agressif caractérisé par la prolifération anarchique de cellules B.

Le projet proposé déterminera le lien entre la région 3'RR du locus IGH, les mutations sur l'oncogène BCL6 et le repositionnement nucléaire de BCL6 dans la survenue/évolution du DLBCL. L'ensemble des données générées dans ce projet de thèse permettront de mieux décrire et comprendre la physiopathologie du DLBCL et surtout de prédire l'évolution de la maladie en prenant en compte un nouveau critère qu'est l'organisation du génome.
Afin de mettre en place une réponse immunitaire efficace et spécifique, les lymphocytes B (LB) subissent des dommages programmés de leur ADN au niveau des gènes codant les immunoglobulines (Ig) et ce dans le but de générer des anticorps de haute affinité vis-à-vis de l'antigène (Ag). Au cours de cette maturation, le locus des chaînes lourdes d'immunoglobulines (IgH) subit de nombreux remaniements géniques. En effet, après stimulation antigénique, les LB matures subissent des réarrangements secondaires (action « in-target ») non exclusifs appelés hypermutation somatique (SHM) et recombinaison de commutation de classe (CSR), tous deux initiés par l'enzyme AID (Activation-Induced cytidine Deaminase) (1). L'activité de AID conduit à des mutations ponctuelles et/ou des cassures double brin de l'ADN ; il est donc obligatoire que les réarrangements sur le locus IgH soient strictement régulés pour éviter que des mutations et/ou des translocations surviennent (2). Il a été clairement décrit que certains gènes « AID off targets » sont à proximité des loci IgH lors de la CSR ce qui conduit à un risque augmenté de translocations/mutations. Pour preuve, les gènes d'Ig sont fréquemment des partenaires de translocation d'oncogènes : la translocation de c-Myc aux loci IgH est fréquente dans le lymphome de Burkitt. La translocation de l'oncogène Bcl2 est très fréquence dans les lymphomes folliculaires et parfois présente dans les leucémies lymphoïdes chroniques (3). Les mutations de Bcl6 sont identifiées très fréquemment dans les Lymphomes B diffus à grandes cellules (4).
Il est donc impératif que les remaniements des gènes d'Ig soient précisément orchestrés dans l'espace du noyau, notamment par les éléments cis-régulateurs répartis sur le locus IgH (activateurs transcriptionnels et régulateurs de la chromatine). Les régions les mieux décrites sont l'activateur intronique E flanqué de régions d'attachement à la matrice nucléaire (MARs-E) et la région régulatrice située en 3' (3'RR) (5, 6).
La région 3'RR contient quatre enhancers : hs3a, hs1.2, hs3b et hs4 contenus dans une large région quasi-palindromique de 25 kb de long, centrée sur hs1.2 (7). Bien que la séquence des régions répétées inversées de ce palindrome diverge entre les espèces, la structure palindromique est globalement très conservée chez les rongeurs et les primates, suggérant un rôle important. Plusieurs modèles de souris mutantes portant des délétions partielles ou totales de la région 3'RR (3'RR (8, 9), hs3b4 (10), PAL (11), c3'RR (12)) nous ont permis d'élucider sa fonction durant le développement du LB. La SHM au locus IgH requiert à la fois les enhancers et l'architecture palindromique alors que les enhancers seuls suffisent à promouvoir la CSR (pour revue complète (13)).
L'hypothèse de l'implication des éléments régulateurs du locus IgH dans l'organisation tridimentionnelle du génome est soutenue par certaines de nos études publiées (14) ainsi que par des résultats préliminaires (données non publiées). Dans le modèle murin 3'RR nous montrons, par 3D-FISH, que les 2 allèles IgH sont plus distants l'un de l'autre en comparaison à un contexte sauvage (14) indiquant que la région 3'RR orchestre le positionnement nucléaire du locus IgH. En parallèle, nous montrons que ce repositionnement du locus IgH, en contexte 3'RR déficient, a des effets plus globaux puisque nous observons une instabilité génomique du LB. En effet, une augmentation de la fréquence des mutations dans l'intron 1 du gène Bcl6 est observée chez tous les mutants de la 3'RR que ce soit à l'âge de 2 mois et de 6 mois. Cette augmentation des mutations est corrélée à un rapprochement physique entre les gènes IgH et Bcl6 (mesuré par 3D DNA FISH) chez tous les mutants de la 3'RR suggérant un repositionnement de Bcl6 dans une zone riche en enzyme AID à proximité des loci IgH.
Des études ont montré que la position préférentielle de certains gènes est modifiée dans des cellules cancéreuses par rapport au tissu sain et que l'organisation spatial du génome peut être utilisée comme un marqueur de la maladie (15). Il existe de plus en plus de preuves que la réorganisation spatiale du génome est une caractéristique pathologique. Bien que l'organisation globale du génome reste largement conservée chez les cellules tumorales, certains gènes ou chromosomes peuvent se repositionner dans les cellules cancéreuses tel que dans l'épilepsie (16), les laminopathies (17-19), le syndrome de Down (20), l'endométriose (21) et dans les cancers (22-26).
Pour exemple, les chromosomes 18 et 21 sont repositionnés dans les laminopathies et le syndrome de Down respectivement. Dans le cancer du sein, les gènes HES5 et FLI1 sont repositionnés en périphérie du noyau. La position des gènes FLI1, MMP9 et MMP2 est altérée dans les cellules issues de cancer de la prostate alors que seule le gène MMP2 est repositionné dans le stade hyperplasie bénigne de la prostate (HBP). L'étude de la position des gènes dans les cellules cancéreuses est donc un nouveau biomarqueur prometteur à la fois pour le diagnostic et la prédiction de l'évolution tumorale.
L'ensemble de nos données préliminaires et les données de la littérature sur le repositionnement nucléaire de gènes dans des cancers, nous ont incités à ouvrir un nouvel axe d'investigation sur les DLBCL, lymphome présentant des mutations de Bcl6 dans environ 60% des cas (4, 27, 28).

Hypothèse
L'ensemble de ces données suggèrent que la région 3'RR du locus IgH participe au maintien de l'intégrité du génome en maintenant une bonne organisation du génome et en évitant les cassures/recombinaisons/mutations en dehors du locus IgH et par conséquent limite le développement de lymphomes/leucémies. Plus spécifiquement, le projet de thèse déterminera le lien entre la région 3'RR du locus IGH, les mutations sur l'oncogène BCL6 et le repositionnement nucléaire de BCL6 comme marqueur de la survenue/évolution du DLBCL.

Le candidat doit posséder des compétences et une expertise dans le domaine la biologie cellulaire, biologie moléculaire et cytométrie de flux. Des connaissances en oncologie, hématologie et immunologie sont également souhaitées.
Savoir-être : Travail en équipe, autonomie et sens de l'organisation, capacité d'adaptation, curiosité.

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